کمیسیون ماده 5 که اجازه تغییر کاربری‌ها و فروش تراکم فراتر از طرح تفصیلی را به شهرداری می‌دهد اولین کمیسیونی است که انتقادهای شورای شهر تهران را برانگیخته است.
شورای شهر جدید در همین چند ماه فعالیت‌اش بیش از شوراهای قبلی به تصمیم‌گیری‌های کمیسیون ماده ۵ و کمیسیون‌های فرادست انتقاد داشته است. کمیسیون‌هایی که بدون نظر شورا برای شهر تصمیم می‌گیرند و گاه مصوبه‌های شورا مانند طرح‌های جامع و تفصیلی را بی‌اعتبار می‌کنند. رئیس کمیسیون شهرسازی شورا می‌گوید اگر دولت جدید به نهاد شورا اعتقادا دارد باید زمینه حضور اعضای شورا در این کمیسیون‌ها را فراهم کند.
کمیسیون ماده 5 که اجازه تغییر کاربری‌ها و فروش تراکم فراتر از طرح تفصیلی را به شهرداری می‌دهد اولین کمیسیونی است که انتقادهای شورای شهر تهران را برانگیخته است. برخی اعضای شورا معتقدند باید در ساختار این کمیسیون تغییراتی ایجاد شود و دست‌بردن در طرح تفصیلی محدودتر شود.
محمد سالاری پا را از این هم فراتر می‌گذارد. به عقیده او قطعا باید ساختار و قانون کمیسیون ماده 5 تغییر کند اما او به جایگاه شورا هم گوشه چشمی دارد و می‌گوید:« شورا پس از 3 دوره فعالیت و در چهارمین دوره به بلوغ لازم برای تصمیم‌سازی‌های کلان در مجموعه شهری و کمک به دولت و واگذاری اختیارهای دولت در زمینه مدیریت شهری رسیده است».
رئیس کمیسیون معماری و شهرسازی شورای شهر تهران به اعتبار تجربه‌ای که شورای شهر در این سال‌ها به دست آورده، معتقد است باید جایگاه شورای شهر در «نهادهای فرادست مثل شورای عالی معماری و شهرسازی کشور و کمیسیون ماده 5» نهادینه شود.
پیش از این وزیر راه و شهرسازی هم از تصمیم‌های کمیسیون ماده 5 و افزایش بی‌رویه جمعیت تهران و نبود زیرساخت‌ها برای توسعه شهر انتقاد کرده بود. سالاری هم این گفته‌های دولتمردان را امیدوارانه می‌داند اما آن را کافی نمی‌داند چرا به گفته او اگر دولت تدبیر و امید «واقعا اعتقاد به نهاد شورا دارد» باید زمینه لازم برای «حضور نماینده‌های شورای شهر را در کمیسیون‌هایی که تدوین و تنظیم‌کننده اسناد فرادست‌اند» فراهم کند.
تاکید قانون اساسی بر نهاد شوراها از دیدگاه رئیس کمیسیون معماری و شهرسازی شورای شهر تهران نشان‌ٔدهنده اهمیت شورا است و بر همین اساس از دولت می‌خواهد با واگذاری قسمتی از اختیارات خود به شورا و یا حضور نماینده‌های شورا در کمیسیون‌های تصمیم‌گیر «مانع از انحراف‌های جدی از طرح‌های جامع و تفصیلی» شود.
سال‌ها است موضوع واگذاری قسمتی از اختیارات دولت به مدیریت شهری در نهادهای تصمیم‌ساز کشور در حال بررسی است و هنوز به جایی نرسیده اما سالاری می‌گوید این طرح بحث واگذاری تصدی‌گری‌ها «در مجمع تشخیص مصلحت نظام» مطرح شد و در حال بررسی است ولی هنوز به نتیجه‌ای نرسیده است.
اهمیت قدرت‌گرفتن مدیریت شهری و افزایش اختیارهای شورای شهرها تا جایی است که اغلب اعضای شورا در دوره‌های گذشته ضعف شوراها را بر دوش نبود این اختیارها می‌اندازند. حالا هم رئیس کمیسیون شهرسازی شورای شهر تهران از مجمع تشخیص مصلح نظام می‌خواهد هرچه زودتر درباره واگذاری تصدی‌ها و اختیارات 22 گانه به مدیریت شهری تصمیم‌گیری و آن را ابلاغ کند. هنوز مجمع تشخیص نظام در این‌باره اظهار نظری نکرده است اما شاید روزی با این کار گره از کار فروبسته شهرها باز شود.